مبادرة المؤاخاة المؤسساتية في هذا السياق تعني إقامة شراكات وتعاون بين المؤسسات العالمية والمؤسسات المحلية في قطاع غزة التي تتخصص في نفس المجال أو الاختصاص، بهدف دعم وتعزيز قدرات المؤسسات المحلية لاستعادة وتحسين وظائفها وتحقيق أهدافها.
مهمة المؤاخاة المؤسساتية تتمثل في تبادل الموارد المالية والخبراتية بين المؤسسات في العالم وتلك القائمة في غزة، خاصة تلك الأساسية والحيوية مثل الصيدليات والمخابز والمكتبات والمدارس والمستشفيات ودور العبادة. يهدف هذا التعاون إلى تعزيز القدرات التشغيلية والمالية لهذه المؤسسات، وتحسين جودة الخدمات التي تقدمها للمجتمع المحلي في ظل الظروف الصعبة التي يعيشها قطاع غزة.